簡史
初在廣州，分設史料、漢語、文籍考訂、民間文藝、漢字、考古、人類學及民物學、敦煌材料研究等八組。1929年遷北平，將原設八組歸併為三個學術組，一為歷史學組，從事史學及文籍考訂；二為語言學組，從事語言學及民間藝文；三為考古學組，從事考古學、人類學及民物學，並分別聘請陳寅恪、趙元任、李濟為一、二、三組主任。九一八事變（1931）後由北平遷上海。1934年，本院在南京之建築陸續竣工，本所亦由上海遷至南京。同年5月增設人類學組。
中日戰爭期間，本所先遷湖南長沙，繼遷雲南昆明，最後定居於四川南溪縣李莊之板栗坳。1946年遷回南京，繼續推動各項研究工作，並接收北平東方文化研究所及近代科學圖書館圖書，成立「北平圖書史料整理處」。1948年冬，時局突變，本所在傅斯年所長主持下，將人員、圖書、標本、文物等由南京遷臺，設臨時所址於桃園縣楊梅鎮。1954年春，隨本院定居南港現址。隨著時局穩定與臺灣經濟成長，本所規模得以日漸擴充。1955年，有研究大樓及倉庫各一幢；1958年，興建考古館，1968年開始分期增建考古館後幢；1961年傅斯年圖書館落成，1978年擴建第二棟書庫，1989年又增建第三棟。1986年，歷史文物陳列館正式啟用。1994年，研究大樓竣工。本所建築乃呈現今日規模。
定居南港後，本所建制亦有所調整。1958年增設甲骨文研究室，1990年易名為文字學組。另有三館，分別收藏本所重要圖書和文物，即傅斯年圖書館、歷史文物陳列館以及臺灣考古館。1995年起，為推動群體研究，設置專題研究室，以匯聚所內、外研究人力和資源，並依實際運作情況重組或增減。目前計有文化思想史、制度與社會、臺灣與東南亞考古學、文物圖象、生命醫療史、禮俗宗教、世界史、數位人文學等八個研究室。另外，先後設有明清檔案、漢籍全文資料庫、金文、安陽四個工作室；以及科技考古、文物維護二個實驗室。1997年，語言學組成立語言學研究所籌備處，本所名稱維持不變，分為歷史學、考古學、人類學和文字學四組。2003年配合院方廢組政策，改「組」為「學門」，學門設召集人，負責相關同仁的人事、行政、學術方面的領導工作。此外，為統籌本所歷年蒐藏之檔案文書，結合數位資源並加強館際交流，於2014年設立檔案館。（請參看「組織架構圖」）
組織圖
組織圖說明：
- 第一層：所務會議、學術諮詢委員會
- 第二層：所長
- 第三層：副所長
- 1. 學術發展委員會
- 1-1 歷史學門
- 1-2 考古學門
- 1-3 人類學門
- 1-4 文字學門
- 1-5 專題研究室及工作室
- 1-5-1 文化思想史研究室
- 1-5-2 制度與社會研究室
- 1-5-3 臺灣與東南亞考古學研究室
- 1-5-4 文物圖象研究室
- 1-5-5 生命醫療史研究室
- 1-5-6 禮俗宗教研究室
- 1-5-7 世界史研究室
- 1-5-8 數位人文學研究室
- 1-5-9 明清檔案工作室
- 1-5-10 漢籍全文資料庫工作室
- 1-5-11 金文工作室
- 1-5-12 安陽工作室
- 1-5-13 所史工作室
- 1-5-14 科技考古實驗室
- 1-5-15 文物維護實驗室
- 2. 編輯出版部（出版品編輯委員會）
- 3. 四館
- 3-1 傅斯年圖書館（圖書館委員會）
- 3-2 歷史文物陳列館
- 3-3 臺灣考古館
- 3-4 檔案館（檔案館委員會）
- 4. 行政事務
- 4-1 事務室
- 4-2 秘書室
- 4-3 會計室
- 4-4 資訊室（資訊委員會）
